ダッソー・システムズ株式会社

【事例】グループ III 代謝型グルタミン酸受容体のサブタイプ選択的オルソステリック・アゴニストの合理的な設計

最終更新日: 2020-09-16 12:43:06.0

上記では、電子ブックの一部をご紹介しております。

BIOVIA Discovery Studioを活用してmGluRアゴニストを合理的に設計
グループ III 代謝型グルタミン酸受容体 (mGluR) は、非常に多くの中枢神経系 (CNS) 疾患の標的候補であることが示されています。mGluR の活性を選択的に調節する技術があれば、パーキンソン病や痛み、てんかん、統合失調症、不安などの治療の可能性が飛躍的に高まります。しかし、サブタイプ選択的なオルソステリック調節因子がうまくいくことは従来は限定的でした。この問題に対応するために、パリ第 5 大学のFrancine Acher 博士のチームはグループ III mGluR のサブタイプ選択的アゴニストを新たに開発する可能性について調査。BIOVIA Discovery Studio で実施されたさまざまな候補分子のドッキング・スタディーの結果を利用して実験結果を裏付けし、さらに基礎となる作用機序を明らかにしました。

詳細は資料をダウンロードしてご覧ください。

関連情報

BIOVIA Discovery Studio 2020
BIOVIA Discovery Studio 2020 製品画像
■Multi-Site Lambda Dynamics
■タンパク質製剤の物性予測
■露わな脂質二重層膜を含む分子動力学計算をサポート
■アンサンブル・ファーマコフォア・モデル
■タンパク質―低分子複合体構造を基にしたファーマコフォア・モデル
■抗体のヒト化をサポート
■共有結合ドッキングシミュレーション

この他、搭載されているデータベースが最新のエントリーを含むように更新されるなど、様々な機能強化がなされています。
『DISCOVERY STUDIO 2019』
『DISCOVERY STUDIO 2019』 製品画像
【新機能と強化された機能(抜粋)】
■New!分子動力学計算実行用にOpenMMインターフェースを通じたCHARMm GPUをサポート
■機能強化!シミュレーション・プロトコルでグリッドをサポート
■機能強化!多様なタンパク質のモデリングを強化
■New!新規プロトコル Analyze Crystal Contacts で結晶接触を生成、分析


※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
Discovery Studioを使用した抗体構造モデリング
Discovery Studioを使用した抗体構造モデリング 製品画像
【仕様】
BIOVIA Discovery Studioに含まれる抗体モデリング機能
■重鎖および軽鎖の多重配列アラインメントを同時にかつ独立に実施
■抗体のテンプレート構造を同定
■テンプレートをカノニカル構造でフィルター
■高い品質のホモロジー モデルを構築
■IMGT、Chotia、Honegger、Kabatといった、標準的なCDRループの定義を利用
■CDRループ構造の精密化をテンプレートを用いて、別のループ構造の移植によって、あるいは非経験的に実施
■連鎖構造の改良
■モデルの詳細な解析
■タンパク質のイオン化状態や残基のpKの予測
■予測されたpK値に基づき、与えられたpHに応じて残基をプロトン化
■pHの関数としてタンパク質の総電荷を算出
■等電点(pI)を予測
■温度あるいは pH 依存的な、変異による安定性変化の予測
■安定化のためのジスフィルド架橋箇所を特定
■ZDOCK を用いた抗体-抗原ドッキング
■重要な相互作用産機を特定
■CHARMm 37b2を使用してImplicit Solventモデルを用いた分子動力学(MD)シミュレーション、他

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