最終更新日:
2024-11-05 16:09:03.0
アプリケーションガイドプレゼント！抗体構造モデリング ワークフローをご紹介！
当社では、ただいまアプリケーションガイド
『Discovery Studioを使用した抗体構造モデリング』をプレゼント中!
モデリング・シミュレーション用の
アプリケーションパッケージ「Discovery Studio」に実装される
「in silico 抗体構造モデリング ワークフロー」を紹介するとともに、
抗体ターゲットの構造モデルが必要とされる理由について解説しています。
【手法（モデリング ワークフロー）】
■フレームワーク テンプレートを特定
■フレームワーク テンプレートに基づいて3Dモデルを生成
■抗体ループを精密化し、CDRコンフォメーションを予測
※詳細はアプリケーションガイドをダウンロード、またはお問合せ下さい。
基本情報
【仕様】
BIOVIA Discovery Studioに含まれる抗体モデリング機能
■重鎖および軽鎖の多重配列アラインメントを同時にかつ独立に実施
■抗体のテンプレート構造を同定
■テンプレートをカノニカル構造でフィルター
■高い品質のホモロジー モデルを構築
■IMGT、Chotia、Honegger、Kabatといった、標準的なCDRループの定義を利用
■CDRループ構造の精密化をテンプレートを用いて、別のループ構造の移植によって、あるいは非経験的に実施
■連鎖構造の改良
■モデルの詳細な解析
■タンパク質のイオン化状態や残基のpKの予測
■予測されたpK値に基づき、与えられたpHに応じて残基をプロトン化
■pHの関数としてタンパク質の総電荷を算出
■等電点(pI)を予測
■温度あるいは pH 依存的な、変異による安定性変化の予測
■安定化のためのジスフィルド架橋箇所を特定
■ZDOCK を用いた抗体－抗原ドッキング
■重要な相互作用産機を特定
■CHARMm 37b2を使用してImplicit Solventモデルを用いた分子動力学(MD)シミュレーション、他
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