MOLSISニュースレター第５号を発刊しました。
[掲載内容]
p1 SciMAPS 4.1.1リリース
——[新製品情報]——
p2 SciMAPS 4.1.1リリース
p3 PSILO 2018新機能紹介
p4 MOE-QFSSバージョンアップ紹介
p6 Chemotargets CLARITY v2.0リリース
p7 SeeSAR 7.2リリース
p12 MedeA 2.22リリース
——[技術情報]——
p8 SONNIA製品紹介
p9 BioInfoGate社OFF-Xの利用事例
p10 TCGAデータの収載
p11 MedeA-VASPによる遷移金属酸化物表面の反応性評価
関連リンク
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関連製品情報
最適な材料設計をお手元に！
『SciMAPS』は、外部プログラムとの連携を前提とした、拡張性の高い設計思想を持つ材料設計支援プラットフォームです。 量子化学計算からメソスケール計算まで、時間的にも空間的にも異なる様々なスケールの計算科学手法に対応しています。使いやすいモデル構築機能、データ解析機能が標準装備され、大学や研究機関で開発された世界的に定評のある先進の計算プログラムを統一された操作で利用できます。 高分子の物性の推算をはじめ、低分子や高分子の凝集状態や挙動の解析、分子反応の解析、固体・表面・界面の電子状態の解析等、様々な解析が行えます。
多様な条件で検索可能！生体高分子やリガンド複合体構造情報のデータベースシステム
『PSILO』は、生体高分子やタンパク質－リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。 タンパク質立体構造データを整理して、多様な条件で検索可能にし、データ共有を支援します。 公共データやin-houseデータなどの分散するタンパク質立体構造データを統合し、ウェブベースの インターフェースから容易にアクセスすることができます。 【特長】 ■高速なテキスト検索 ■タンパク質／抗体アミノ酸配列検索 ■タンパク質立体構造全体の重ね合わせ ■リガンド結合部位の2D/3D表示 ■PDBデータの自動更新 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォーム
『MOE』は、世界中で広く利用されている分子モデリングソフトウェアです。多彩な計算化学アプリケーション、分子構造データベース、開発環境を搭載しており、それらを組み合わせた適切なプローチでの分子設計が可能です。 【特長】 ■低分子、タンパク質、抗体、ペプチド、DNA/RNA等の広範な分子スケールに対応 ■LBDD, SBDD, FBDDなど様々な分子設計手法に対応 ■目的に応じて使い分けできる使用モード ■低分子・フラグメント・標的タンパク質データベース ■新機能開発やカスタマイズ ■サードパーティ製品との連携 ■Windows/Mac/Linuxに対応 ■計算化学者、実験研究者が広く利用 ■医薬、農薬、食品、材料設計などの様々な分野に対応 【搭載アプリケーション】 ■分子モデリング ■配座解析・分子動力学計算・量子化学計算 ■ドッキングシミュレーション ■構造活性相関・ケモインフォマティクス ■タンパク質・抗体モデリング ■変異体構築・タンパク質/ペプチドデザイン ■核酸モデリング ■ファーマコフォア解析 ■フラグメント構造に基づく分子設計
化合物の有効性と安全性のプロファイルを解明！より包括的な予測が可能に！
『CLARITY』は、化合物の有効性と安全性のプロファイルを解明して 作業仮説の立案に役立つ先進的な予測分析プラットフォームです。 化合物の構造から有効性や安全性に関わる作用機序の活性、毒性や安全性 およびADMEパラメーター全般、代謝物とその薬理学的影響といった広範な プロファイリングを予測します。 化合物ライブラリーのバーチャルスクリーニング、標的タンパク質決定後の 解析、ドラッグ・リポジショニング、潜在的な毒性や安全性の問題の予測、 オフ・ターゲットの相互作用の判別、代謝物に関連する安全性問題の把握などに 活用できます。 【特長】 ＜有効性プロファイリングの特長＞ ■6種類の計算手法により化合物の構造から有効性のプロファイリング ■各計算手法の結果をまとめた信頼性スコア ■活性値や信頼性スコアによるフィルタリング ■特許、文献、学術会議の情報などをキュレーションしたトレーニングセット ■独自データによるトレーニングセットの構築 ※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
メディシナルケミストのための受容体ポケット中でのリード最適化ツール
『SeeSAR』は、滑らかで美しい 3D モデルにより、リガンド-受容体間の相互作用を理解し、リガンドの物性値やADMEプロパティを評価しながら、対話的に新規リガンドを設計できるソフトウェアです。 リガンド原子毎の結合自由エネルギー寄与を算出し色付け、ねじれ角の妥当性の検証、リガンドの物性値、ADMEプロパティ、ポケット中の原子の存在しない空間等を分子をマニュアルで編集しながらリアルタイムにモニタリングできます。 ドッキングシミュレーションによるリガンドの配置、フラグメント交換や付加によるリガンド候補の出力を組み合わせて、研究者にあらたなリガンド候補を提案をします。 【特長】 ■高速な結合自由エネルギー推算 ■容易な操作と理解しやすいインターフェース ■視覚的かつ即座にリガンド候補の優先順位を決定 ■ΔGや物性値の改善を支援 ■母核置換、フラグメント連結、フラグメント付加 ■ドッキングシミュレーション ■ADME予測機能 ■結晶構造を解析した二面角の妥当性チェック ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
第一原理バンド計算による「材料設計」！
『MedeA』は、材料設計のための統合的な計算環境です。 第一原理バンド計算を基に、材料（金属・セラミックス・半導体など）に対する、各種物性（構造、光学物性、磁性、熱力学物性、弾性、振動、電子伝導性）を評価することができます。
GEOなどに登録されたマイクロアレイやRNA-seqのデータをキュレーション！同じプラットフォームのデータを横断的に発現解析
『GENEVESTIGATOR』は、GEOやArrayExpressなどの公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレーションすることで、様々な研究者が登録した大量の実験結果を統合して解析可能にする遺伝子発現データベースです。 【対応生物種：biomedical】 ヒト、マウス、ラット、サル、イヌ、ブタ、ショウジョウバエ、（酵母、大腸菌） 【対応生物種：plant】 シロイヌナズナ、オオムギ、イネ、コムギ、トウモロコシ、ソルガム、ヒメツリガネゴケ、ダイズ、ウマゴヤシ、トマト、タバコ、（酵母、大腸菌） 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【主な活用分野】 ■機能ゲノム科学 ■標的遺伝子の優先順位付け ■バイオマーカーの同定 ■発現変動遺伝子リストの解釈 ■遺伝子調節ネットワークの解析 ■実験計画の改善 ■ドラッグ・リポジショニング ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
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