卓越した分子モデリング・シミュレーションソフトウェア『MOE』

卓越した分子モデリング・シミュレーションソフトウェア『MOE』

創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォーム

『MOE』は、世界中で広く利用されている分子モデリングソフトウェアです。多彩な計算化学アプリケーション、分子構造データベース、開発環境を搭載しており、それらを組み合わせた適切なプローチでの分子設計が可能です。【特長】 ■低分子、タンパク質、抗体、ペプチド、DNA/RNA等の広範な分子スケールに対応 ■LBDD, SBDD, FBDDなど様々な分子設計手法に対応 ■目的に応じて使い分けできる使用モード ■低分子・フラグメント・標的タンパク質データベース ■新機能開発やカスタマイズ ■サードパーティ製品との連携 ■Windows/Mac/Linuxに対応 ■計算化学者、実験研究者が広く利用 ■医薬、農薬、食品、材料設計などの様々な分野に対応【搭載アプリケーション】 ■分子モデリング ■配座解析・分子動力学計算・量子化学計算 ■ドッキングシミュレーション ■構造活性相関・ケモインフォマティクス ■タンパク質・抗体モデリング ■変異体構築・タンパク質/ペプチドデザイン ■核酸モデリング ■ファーマコフォア解析 ■フラグメント構造に基づく分子設計

基本情報

MOEは、計算化学者やメディシナルケミスト、バイオロジストなどの様々なユーザーに利用されている分子モデリングソフトウェアです。低分子、受容体構造、複合体構造などユーザーが持つ実験的な知見に基づき、柔軟かつ適切なアプローチでの分子設計が可能です。LBDD的なアプローチであればSAR解析やファーマコフォア解析、SBDD的なアプローチであればドッキングシミュレーションやフラグメント創薬など、目的にあわせた利用が可能です。ユーザーフレンドリーなインターフェースを搭載し、初心者でも自由に操作ができます。MOEに搭載されていないアプリケーションは、新規追加も可能で、ユーザーに応じたメニュー編集も可能です。 NAMD, KINIME, Gaussian, GAMESS, MOPAC, Mogul, FlexX, Gold等のサードパーティ製品とMOEを連携させて利用できます。医薬品開発では、低分子、中分子、抗体など様々な医薬品の設計にMOEは応用されています。開発元のウェブページもあわせてご参照ください。 https://www.chemcomp.com/

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詳細情報

分子モデリング・シミュレーション化合物、ペプチド、タンパク質、糖鎖、核酸、合成ポリマーなどの幅広いスケールの分子系を構築できます。配座解析による安定配座の探索や、水を分子の周辺に配置した分子動力学計算、3D-RISM法を用いた溶媒解析、量子化学計算によるスペクトル予測などが可能です。
分子間相互作用解析水素結合、π-H相互作用、ハロゲン結合などの様々な相互作用を拡張ヒュッケル法を用いて定量的に高速に見積もります。相互作用の種類や強さによる類似度計算やクラスタリングなどが可能です。タンパク質-タンパク質間相互作用(PPI)においては、PPIを形成しうる疎水性・荷電性の分子表面を抽出できます。PPIに重要な疎水性表面に重み付けをしたタンパク質-タンパク質ドッキングも可能です。
受容体構造に基づく分子設計(SBDD) 標的タンパク質の立体構造を用いたリガンドの分子設計が可能です。リガンドの結合様式を予測するドッキングシミュレーションは、テンプレート、共有結合、電子密度、ファーマコフォアを考慮した配置が可能です。受容体構造を可動にするInduced Fitに対応しています。リガンド物性やドッキングスコアを評価しながら活性部位における対話的なリガンド設計も可能です。
ケムインフォマティクス・SAR解析実験研究者が簡単な操作で構造活性相関/物性相関(SAR/SPR)解析を行うことができます。QSARモデル構築、MMP解析、Rグループ解析を通して、化合物の構造からの活性値予測やActivity Cliff探索、SARテーブル作成など様々なSAR解析が可能です。化合物のプロパティ値による2D/3D相関図や各種クラスタリグに対応しています。
タンパク質・抗体モデリングアミノ酸配列の類似しているタンパク質の立体構造を用いたホモロジーモデリングが可能です。単量体と多量体、Induced Fitモデリングに対応しています。抗体においては、相補性決定領域とフレームワークに適切なテンプレートを用いたモデリングを行います。GPCRは膜貫通領域を予測し、適切なアラインメントを行った後モデリングを行います。
タンパク質・ペプチドデザインタンパク質の任意のアミノ酸残基に変異を導入した際の分子間相互作用や熱安定性、物性への影響をシミュレーション可能です。アラニンスキャニング、ジスルフィド結合の導入、網羅的な変異体構築など様々な手法に対応しています。目的の物性値にフォーカスしたタンパク質ライブラリーの構築も可能です。ループ/リンカーモデリングや翻訳後修飾モデリング、特殊アミノ酸モデリングにも対応しています。
ファーマコフォア解析活性化合物の化学的な特徴をファーマコフォアモデルとして定義し、化合物のバーチャールスクリーニングやリガンド配置の拘束などに利用できます。ファーマコフォアモデルはリガンド、受容体、複合体から柔軟に構築ができ、手動あるいは自動で構築できます。
フラグメント構造に基づく分子設計(FBDD) フラグメントの置換、連結、伸張、交換による新規リガンド設計が可能です。ファーマコフォアモデルへの適合や、リガンドの物性値、受容体との親和力などを評価しながらScaffold Hoppingや構造展開が行えます。入力に用いる100万件以上のフラグメント構造を標準で搭載しています。
新規機能開発・サードパーティ製品との連携多機能言語SVLを用いて、新機能の開発やカスタマイズを行うことができます。ユーザーに適したオリジナルメニューも作成できます。分子動力学計算、量子化学計算、ワークフローなどのサードパーティソフトウェアとMOEを連携して利用することでMOEの利用範囲がさらに拡大できます。追加アプリケーション事例：自動QSARモデル構築、自動3D-QSAR構築、HLAモデリング、KNIMEインターフェース等

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