Partek社製ソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアライメントからパスウェイを使った生物学的解釈まで実行
Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています。これらのソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアラインメントからパスウェイを使った生物学的解釈まですべてサポートします。
Partek FlowはFASTQファイルを読み込んで、アラインメント前後のQA/QC、参照ゲノム配列へのアラインメント、発現量の定量および正規化、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析、主成分分析や階層型クラスタリング、GOやパスウェイを使った生物学的解釈、ゲノムビューアーによる可視化などRNA-seqのデータ解析全般をサポートします。
Partek Genomics SuiteはBAMファイルを読み込んで、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析に加えてアリル特異的発現解析、コーディング領域のSNV解析をサポートします。
Partek PathwayはKEGGパスウェイ情報を使ったパスウェイ解析をサポートします。
RNA シークエンス（RNA-seq）は数多くの新しい発見をもたらしています。RNA-seq を使うことで、次のような解析が可能になります。
1. 遺伝子発現解析
2. 転写産物発現解析
3. 選択的スプライシング解析
4. 新規エクソンや新規転写産物の発見
5. アリル特異的発現解析
6. コーディング領域のSNV 解析
7. パスウェイ解析や生物学的解釈
Partek Flowを使って1～4、Partek Genomics Suiteを使って5～6、Partek Pathwayを使って7のデータ解析を行います。
この実験ではユーイング肉腫から得られた2 つのがん細胞株を比較します。原発性細胞株と転移性細胞株です。同じ患者から得られたがんではない線維芽細胞を “正常”として対照群にします。正常組織とがん組織の間のゲノムの変化に加えて、原発性のがんが転移性のがんになり他の組織へ広がっていくメカニズムについても解析します。
1. 遺伝子発現解析
2. 転写産物発現解析
3. 選択的スプライシング解析
4. 新規エクソンや新規転写産物の発見
5. アリル特異的発現解析
6. コーディング領域のSNV 解析
7. パスウェイ解析や生物学的解釈
Partek Flowを使って1～4、Partek Genomics Suiteを使って5～6、Partek Pathwayを使って7のデータ解析を行います。
この実験ではユーイング肉腫から得られた2 つのがん細胞株を比較します。原発性細胞株と転移性細胞株です。同じ患者から得られたがんではない線維芽細胞を “正常”として対照群にします。正常組織とがん組織の間のゲノムの変化に加えて、原発性のがんが転移性のがんになり他の組織へ広がっていくメカニズムについても解析します。
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RNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例
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