株式会社モルシス

【技術資料】粗視化分子動力学計算

最終更新日: 2023-02-06 11:21:08.0

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全原子モデルのみでは難しい構造の構築が可能!幅広い研究にお役立ていただけます!

粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にして
シミュレーションを行います。

水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため通常の
全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、
計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子MD計算では
到達困難な100ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。

そのため、構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などの
ソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。

当資料では、事例を通して『SciMAPS』の持つ粗視化分子動力学計算機能に
ついて紹介します。

【掲載内容(一部)】
■SciMAPS のメソスケール関連の機能
■粗視化モデル計算の事例
■粗視化モデルの全原子モデルへの変換
■まとめ

※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

【その他の掲載内容】
<SciMAPS のメソスケール関連の機能>
■ビーズ定義
■粗視化モデルへの分子構築機能の対応
■粗視化力場
■AtoMeso converter
■MesoAtom converter
■解析機能

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