上記では、電子ブックの一部をご紹介しております。
ゲノムワイドにエピゲノム情報を取得！バイアスのない精確な解析が可能！
「Flow」は、次世代シーケンサー（以下、NGS）から出力されたリード配列を
読み込んで、RNA-seqやDNA-seqのデータ解析が可能なシーケンサーデータ
解析ソフトウェアです。
2016年12月にリリースされた「Flow 6.0」では、『ChIP-seqのデータ解析』に対応。
リード配列の参照ゲノム配列へのアラインメント、アラインメント前後の
QA/QC、ピーク検出、検出したピークのアノテーション、転写開始点からの
距離でのプロットなど、ChIP-seqのデータ解析を行うための豊富な機能を搭載しています。
【ChIP-seqとは】
■ChIPとNGSを組み合わせてゲノムワイドにエピゲノム情報を
取得する手法
■様々な生物で転写制御メカニズムの理解に大きく貢献
■プローブ設計に依存した制限がない、ダイナミックレンジが広い
■ChIP on chipと比べてバイアスのない精確な解析が可能
※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
読み込んで、RNA-seqやDNA-seqのデータ解析が可能なシーケンサーデータ
解析ソフトウェアです。
2016年12月にリリースされた「Flow 6.0」では、『ChIP-seqのデータ解析』に対応。
リード配列の参照ゲノム配列へのアラインメント、アラインメント前後の
QA/QC、ピーク検出、検出したピークのアノテーション、転写開始点からの
距離でのプロットなど、ChIP-seqのデータ解析を行うための豊富な機能を搭載しています。
【ChIP-seqとは】
■ChIPとNGSを組み合わせてゲノムワイドにエピゲノム情報を
取得する手法
■様々な生物で転写制御メカニズムの理解に大きく貢献
■プローブ設計に依存した制限がない、ダイナミックレンジが広い
■ChIP on chipと比べてバイアスのない精確な解析が可能
※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
関連情報
【Flow技術情報】ChIP-seqデータ解析
-
-
【特長】
■ピーク検出
・FlowはChIP-seq のピーク検出を行うためにMACS2プログラムを搭載
・MACS2はChIP-seqのピーク検出で最もよく使われているプログラム
・ゲノムサイズ、免疫沈降サンプル(chip)と対照サンプル(mock)のペアを
選択するだけで簡単にピーク検出を実行
■アノテーション
・転写開始点から見たプロモーター領域の上限下限および遺伝子データ
ベースを選択するだけで、 検出したピークに対して遺伝子との位置
関係のアノテーションを付加
・ヒトやマウスなど代表的な生物種のRefSeqやEnsemblといった遺伝子
データベースを自動的にダウンロード
■TSSプロット
・TSSを中心にしたプロモーター領域にいくつのリードがアラインメント
されているかをTSSプロットで表示
※詳しくはPDFをダウンロード頂くか、お気軽にお問い合わせ下さい。
お問い合わせ
※お問い合わせをすると、以下の出展者へ会員情報(会社名、部署名、所在地、氏名、TEL、FAX、メールアドレス)が通知されること、また以下の出展者からの電子メール広告を受信することに同意したこととなります。
株式会社モルシス
