上記では、電子ブックの一部をご紹介しております。
計算化学者、メドケム、バイオロジストなど様々なユーザーに利用されています。アプリケーションの追加やカスタマイズによって、MOEをさらに進化させることができます。既存のサードパーティソフトウェアと連携してMOEを利用することができ、MOEの適用範囲を大きく広げることが可能です。
【特長】
■低分子・タンパク質・核酸等の広範な分子スケールに対応
■LBDD, SBDD, FBDDなど様々な分子設計手法に対応
■目的に応じて使い分けできる複数の使用モード
■豊富な分子構造データベース
■開発言語を用いて、新機能開発やカスタマイズが可能
■サードパーティ製品との連携
■Windows/Mac/Linuxをサポートするマルチプラットフォーム
※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
関連情報
卓越した分子モデリング・シミュレーションソフトウェア『MOE』
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MOEは、計算化学者やメディシナルケミスト、バイオロジストなどの様々なユーザーに利用されている分子モデリングソフトウェアです。
低分子、受容体構造、複合体構造などユーザーが持つ実験的な知見に基づき、柔軟かつ適切なアプローチでの分子設計が可能です。LBDD的なアプローチであればSAR解析やファーマコフォア解析、SBDD的なアプローチであればドッキングシミュレーションやフラグメント創薬など、目的にあわせた利用が可能です。
ユーザーフレンドリーなインターフェースを搭載し、初心者でも自由に操作ができます。MOEに搭載されていないアプリケーションは、新規追加も可能で、ユーザーに応じたメニュー編集も可能です。
NAMD, KINIME, Gaussian, GAMESS, MOPAC, Mogul, FlexX, Gold等のサードパーティ製品とMOEを連携させて利用できます。
医薬品開発では、低分子、中分子、抗体など様々な医薬品の設計にMOEは応用されています。
開発元のウェブページもあわせてご参照ください。
https://www.chemcomp.com/
MOEを用いた分子モデリング・分子シミュレーション
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MOEは、計算化学者やメディシナルケミスト、バイオロジストなどの様々なユーザーに利用されている分子モデリングソフトウェアです。
低分子、受容体構造、複合体構造などユーザーが持つ実験的な知見に基づき、柔軟かつ適切なアプローチでの分子設計が可能です。LBDD的なアプローチであればSAR解析やファーマコフォア解析、SBDD的なアプローチであればドッキングシミュレーションやフラグメント創薬など、目的にあわせた利用が可能です。
ユーザーフレンドリーなインターフェースを搭載し、初心者でも自由に操作ができます。MOEに搭載されていないアプリケーションは、新規追加も可能で、ユーザーに応じたメニュー編集も可能です。
NAMD, KINIME, Gaussian, GAMESS, MOPAC, Mogul, FlexX、Gold等のサードパーティ製品とMOEを連携させて利用できます。
医薬品開発では、低分子、中分子、抗体など様々な医薬品の設計にMOEは応用されています。
開発元のウェブページもあわせてご参照ください。
https://www.chemcomp.com/
MOEを用いた受容体構造に基づく分子設計(SBDD)
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リガンドの結合様式を予測するドッキングシミュレーションは、テンプレート、共有結合、電子密度、ファーマコフォアを考慮した結合部位への配置が可能です。リガンドの形状によりタンパク質を動かすInduced-Fitに対応しています。
Potein-Ligand Interaction Fingerprint解析により活性・不活性を判別する相互作用を見いだせます。
受容体の適切な前処理として、PDBデータにおける原子欠損部位の確認と修正、イオン化やトートマーを考慮した水素原子付加状態の決定を行えます。受容体構造からポケット検索は、リガンド結合傾向によるポケットのランク付けが可能です。
結合部位でのリガンド設計は、置換基が付加可能な位置や、分子量やlogP、変異原性の有無などのリガンド特性、ドッキングスコアを評価しながら対話的な分子編集が可能です。
母核置換やフラグメント付加・変換などにより新規リガンド候補を探索できます。フラグメントは150万件以上の構造データを標準で搭載しています。
開発元のウェブページもあわせてご参照ください。
https://www.chemcomp.com/
【書籍発刊】「MOE」を用いた創薬研究の効率化 ※抜刷進呈中
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第4章第2節（「MOE」を用いた創薬研究の効率化）の概要は以下の通りです。
創薬研究における膨大な情報を整理して作業仮説を検証するためのプラットフォームという観点から、MOEの特長と、MOEを利用した創薬研究の効率化の事例について解説しています。MOEのアプリケーション実行環境と開発環境を統合化したプットフォームとしての役割と展開について詳細な解説を行い、MOEに搭載のSBDD (Structure Based Drug Design) 機能を中心に、データ収集・管理、複合体の相互作用解析、新規リガンド設計における効率化の事例を紹介しています。
MOE Extensions for KNIME Ver.2.4
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〇 誰でも分かりやすい形で計算プロトコルを定義
〇 直感的で操作しやすいGUI
〇 処理の追加、削除、順番の入れ替えが容易
〇 多くの創薬研究のためのノードを用意
〇 ケムインフォマティクス、データマイニングなど
〇 ユーザー独自の新規ノード開発も可能
インシリコ創薬技術の資料進呈
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(注1)2018年1月31日に株式会社技術情報協会が発刊した創薬研究の技術書籍です。
【「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」概要】
コンピュータの処理能力の速さを活かしつつ、計算コスト増大の課題をいかに克服するか？」をメインテーマに、
インシリコ創薬を成功に導く計算化学やスパコン、データベース構築の重要技術を掲載。
【第4章第2節「「MOE」を用いた創薬研究の効率化」の概要】
MOEのアプリケーション実行環境と開発環境を統合化したプラットフォームとしての
役割と展開について詳細な解説を行い、MOEに搭載のSBDD (Structure Based Drug Design) 機能を中心に、
データ収集・管理、複合体の相互作用解析、新規リガンド設計における効率化の事例を紹介しています。
統合計算化学システムMOE：アドオンツール『MOE-QFSS』
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【その他の特長】
■Exact マッチ（完全一致）とSemi-exact マッチ（部分完全一致）による構造検索
■MOE アプリケーションとシームレスに連携
■2D-Scaffold Hopping
※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。
統合計算化学システム『MOE』核酸モデリング
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【その他の特長】
■相互作用解析
■核酸-タンパク質ドッキング
■物性推算
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MOE抗体設計アプリケーション
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MOE 抗体アプリケーション例
★抗体モデリング
・領域(FR、CDR)ごとのテンプレート検索
・各タイプのモデリング
Fv, Fab, F(ab’), rIg, Ig, VHH, VLL, 二重特異性抗体(bispecific抗体)、
一本鎖抗体(scFv)、ADC(Antibody-drug conjugate)、ヒト化抗体
・ループモデリング/リンカーモデリング(scFv)
★抗体設計
・アラニンスキャン, システインスキャン, 変異体スキャン
・バーチャルファージディスプレイ
・非天然アミノ酸の導入
・リガンドとの親和性予測
・分子表面特性
★タンパク質間相互作用解析 (PPI解析)
・相互作用検出
・疎水性/電荷表面パッチ解析
・タンパク質-タンパク質ドッキング
・エピトープマッピング
★Developability の評価
・化学的修飾部位の検出
・pHや構造変化を考慮した物性推算
・熱安定性、溶解性、粘度
★その他
・溶媒解析
・分子シミュレーション、分子動力学計算
『MOE』抗体モデリング
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株式会社モルシス
