株式会社モルシス

【技術情報】SciMAPSの粗視化分子動力学計算

最終更新日: 2022-08-08 10:21:41.0

上記では、電子ブックの一部をご紹介しております。

カタログ発行日:2022/08/04

2つの事例を通してSciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介。
粗視化分子動力学計算では分子の部分構造を1つの粒子にしてシミュレーションを行います。水素分子などの軽元素の振動を考慮する必要がないため1ステップを通常の全原子MD計算の10倍程度の大きなモデルを取り扱えるとともに、計算する相互作用の数も大幅に削減され、全原子MD計算では到達困難な100 ns以上のシミュレーションも比較的容易に行えます。よって構造の平衡化までに時間を要する高分子や両親媒性分子などのソフトマターのシミュレーションに利用される計算手法です。本稿では2つの事例を通してSciMAPSの持つ粗視化分子動力学計算機能について紹介します。

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SciMAPSの各機能は、さまざまなシミュレーションに対して分子モデルを構築する構造構築機能(Build)、計算プログラムとそれに対するインターフェースから構成されるプラグインとして提供されるシミュレーション機能(Simulate)、シミュレーション機能により得られたデータを解析する解析機能(Analyze)、実行したジョブの管理、構造データの入出力、スクリプトを実行など、SciMAPSの根幹となるインフラストラクチャ(Infrastructure)からなります。シミュレーション機能のプラグインは分野ごとにまとめられパッケージとして提供されます。パッケージには量子化学・物理計算(Quantum)、力場計算、メソスケール計算(Classical)、熱力学物性計算、構活性相関(Engineering)の3つがあります。基本構造構築機能、解析機能、インフラストラクチャ機能からなる基本環境に必要に応じてパッケージを加することにより、研究に最適な材料設計環境をそろえることができます。

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有機電解質を利用したリチウムイオン二次電池は携帯電話、パソコンから電気自動車までさまざまな用途で実用化されています。電池を構成する有機液体電解質については、様々な化合物を組み合わせることで、軽量化、高安全性、高耐久性などを実現する電解質材料の開発が重要となっています。本稿では、電解質によく利用される有機低分子とLiTFSAの塩からなる系を構築し、密度、拡散定数を予測し、実験値と比較しました。また、動径分布関数より配位分布関数を求め配位状態の比較を行いました。
■ SciMAPSによる物性推算
■ DFFの力場
■ パラメータの作成
■ 計算結果
■ 計算対象
■計算手順
■計算結果
■まとめ

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